纳税款的计算方法和税种有所不同，需根据相关税务法规进行核算。
有限公司的纳税方式和程序主要包括以下几个步骤：
1. 确定纳税类型：根据公司的业务性质和经营范围，确定适用的纳税类型，例如增值税、企业所得税等。
2. 登记税务机关：根据公司所在地的规定，办理税务登记手续，领取税务登记证。
3. 缴纳税款：根据税务机关的规定，按照固定的时间期限，按月、按季或按年缴纳相应的税款。纳税款的计算方法和税种有所不同，需根据相关税务法规进行核算。
4. 提交纳税申报表：根据纳税类型的不同，按照规定的时间限期，向税务机关提交相应的纳税申报表。申报表一般要包括企业的财务数据、计算方法和需缴纳的税款金额等信息。
5. 纳税申报审核：税务机关对纳税申报表进行审核，核对所提交的信息与财务数据的一致性、合规性，如有错误或异常，将要求进行补正。
6. 缴纳罚款与税务处罚：如果公司未按时、准确地缴纳税款或提供虚假的财务信息，税务机关将会对公司进行相应的罚款或处罚。
7. 出具税务证明：税务机关根据公司的纳税申报情况，出具税务证明，作为企业正常运营、纳税合规的证明。
需要注意的是，不同国家和地区的纳税制度和程序可能有所不同，具体的纳税方式和程序应遵循当地税务法规的规定。同时，也建议公司在纳税事务上寻求专业会计师或税务顾问的帮助，以确保税务合规和避免不必要的纳税风险。
